Pada hari baru di wilayah Kanto, Satoshi diundang oleh Profesor Yukinari Ookido ke upacara pembukaan lab Profesor Sakuragi di Kota Vermilion. Selama pidato seremonial, Profesor Sakuragi menerima peringatan tentang Pokemon langka yang mungkin muncul di pelabuhan Kota Vermilion, mengarahkan Satoshi dan pelatih lainnya untuk bergegas ke daerah tersebut dengan harapan menemukan Pokemon misterius itu. Di pelabuhan, mereka menemukan Lugia—Pokémon Legendaris—berkelahi dengan pelatih lain.
Memperhatikan pelatih lain' taktik, Satoshi menyuruh rekannya, Pikachu, menyerang Lugia dengan serangan Thunderbolt. Tidak terpengaruh, Lugia melarikan diri, tetapi tidak sebelum Satoshi dengan tegas melompat ke punggungnya. Yang mengejutkan Satoshi, dia bertemu anak laki-laki lain, Gou, yang juga melompat ke punggung Lugia. Keduanya menaiki punggung Lugia karena membawa mereka dalam petualangan aneh melintasi lautan. Saat membiarkan keduanya kembali ke tanah, Satoshi dan Gou mengucapkan selamat tinggal pada Lugia dan kembali ke Institut Sakuragi.
Terkesan dengan temuan Gou dan wawasan Satoshi yang diambil selama pertemuan mereka, Sakuragi meminta keduanya menjadi mitra penelitian barunya. Maka perjalanan duo ini dimulai, bepergian melintasi berbagai wilayah untuk bertemu banyak Pokémon baru—termasuk yang memiliki kemampuan Gigantamax!
[Ditulis oleh MAL Tulis Ulang]